El chikungunya se distingue por dolor articular incapacitante y menor incidencia de sangrado comparado al dengue; el zika causa síntomas leves pero riesgos en embarazadas. El diagnóstico diferencial requiere pruebas de laboratorio (como serología). Ambos comparten síntomas como fiebre y rash, pero el chikungunya no se asocia a microcefalia como el zika.